JOPP forsker i naturlige klimaændringer og især i studier af sammenhænget mellem Solens aktivitet og Jordens klima. Undersøgelserne sker ved hjælp af laboratorieeksperimenter, der undersøger kosmiske partiklers indflydelse på dannelses af skykim i Jordens atmosfære, og har blandt andet til formål at afdække, om solvariationer via kosmiske partikler har indflydelse på Jordens skydække. Desuden arbejder han med simple biogeokemiske modeller for at studere Jordens klimasystem på meget lange tidsskalaer.